依次回复你的问题~
1）4月和9月哪个月份去，看你想看春景还是秋景了。
天气要看老天心情。
机票便宜不了，都还是旺季，不过相对来说9月可能会更合适些，4月欧洲的各种宗教节日不少，公众假日出行的飞机票价都比平时要高。
但是你说的机票是指从国内飞欧洲的还是欧洲内飞的？我刚才说的机票是指欧洲内部的线路。如果是国内飞欧洲的，你需要避开国内的假日，比如4月份的清明节、劳动节前夕，9月份的中秋节、国庆节前夕。
2）恕我孤陋寡闻，点对点车票和日票是两个东西吧？在我的词典里，点对点车票是从A地到B地的单程票，日票是在某A地区域全天都可以使用的交通通票。我们是否对DB票种的定义不同？
一般几日通票这种最好有一日之内频繁往返或者前往多个目的地的需求，否则你还是现在DB官网上查清楚点对点车票的价格，相加看是否比你所说的7天通票贵，贵了再买，否则还是单买划算。
我优先推荐点对点车票的原因还在于这种车票提前购买都有优惠，而通票一般是以你的全部车票都购买正价票为前提会觉得相对便宜的。
如果你要在某个城市购买日票，那么你直接在车站购买就可以了，因为这个是固定价格，提前买也没有优惠的。但是点对点车票如果行程能确定，尽量还是提前在网上买，当然风险是买了以后是不能退换更改的。
3）法兰克福我知道有跳蚤市场在这个地址：Lindleystraße 14 60314 Frankfurt am Main
你可以在地图上定位前往。
官网说法兰克福跳蚤市场是每周六 (节假日除外) 9:00 -14:00。
你可以访问它的网址获取更多信息：http://www.hfm-frankfurt.de/flohmarkt.html
营业时间：周二至周四8:00-12:00, 12:30-16:00，以及周五8:00-13:00。
4）转机是可以出机场转转的。但是如果有次计划注意一定要留够转机时间，法国巴黎或者意大利罗马之类的大城市4小时以内就不用考虑去市区了，基本来不及。

1、温度可能9月份要好点儿，气温要高点，机票就不好说了，只有自己随时关注了，
就个人而言，也不要考虑绝对的低价格，还是要考虑中转时间和航空公司，那种中转20个小时以上的就不考虑了吧。
建议考虑下卡塔尔或则阿提哈德航空。法航也可以，但一般从阿姆斯特丹转机，你的路线就要倒过来走。
2、没有在德国使用过大众交通工具做城市之间移动，帮助不了你。
3、欧洲、德国的跳蚤市场都是周末，法兰克福的跳蚤市场没有去过。
但地点一般都是在广场上，柏林是在火车站附近（米特区)
其实跳蚤市场也不止一个，找你住宿酒店附近的广场就好了。
个人觉得有卖吃的才是德国真正的跳蚤市场哈，（摆设到傍晚就撤摊）这条仅供参考。
4、德签就意味着申根签，可以进入申根去区，如果你是转机，实际就是在申根区的第一站就进入了，这时候要过海关。不管是法国还是意大利，海关盖章就进入了，可以出机场逛，只要时间够。
你的路线，布鲁塞尔有没有啥特别的行程准备啊？
感觉比利时就是雨水多，旅游不方便。
没有就放弃吧，慕尼黑多待两天。慕尼黑也适合骑自行车游览，你要逛跳蚤市场，骑自行车最方便。
补充一点：
你可以考虑从
柏林进入，阿姆斯特丹回国，这样可能价格、路线都要方便些
或则 法兰克福进入-柏林回国也可以

1)9月份好,不过最好赶在9月中旬前过去,欧洲的天气到9月底有些地方开始冷拉,另外4月和9月价格差不多的.
2)不用买7天票的,不核算.上DB网站购买好,一般提前一个月ICE很多路线都有优惠票的,不要买慢车阿.另外,现场机器上买没有优惠的
3)听说就在法兰克福中央火车站，出门右拐的莱茵河边。具体从火车站哪个大门出去怎么走,你可以在法兰克福的中央火车站的问讯处咨询,DB的每个火车站都设有INFORMATION的柜台,非常好.跳蚤市场每周六有.给你网址,仔细看看http://www.hfm-frankfurt.de/flohmarkt.html
4)既然你的护照是德国的,建议最好从德国出入境,这样记录比较好.一般转机的2-3个小时,说实话也转不了什么地方,还要担心时间.

为什么会想去德国，我觉得欧洲美洲国家都不如亚洲好玩