楼主要仔细研究一下入港相关政策才好。人家海关只看你下一个目的地，不会看你后面的目的地。政策是说经香港到第三国（指除**及香港以外的地方），才有免签7天时间。那么，第一段去程，从香港到上海，在香港海关看来是回国，因此你过去是需要通行证的。而回程是以香港为终点，并且是从国内去的，所以也必须要通行证。至于航空公司出票给的经停地，这只和航空公司的航线有关，和签证之类的手续无关。所以航空公司只要有线路到达就可以出票，而如果涉及到经停地相关的中转或入境政策，则需要自己去办理相关的手续。

不良記錄是日本政府給的，而大阪不發你香港登機牌是航空公司的決定，兩者沒有關係，關員只管你有沒有在限期內離開日本，不會管你飛去哪裡，所以單看你的描述沒可能有不良記錄。另外就是，能不能用護照免簽注進出香港，要看你中轉需不需要出關，以前浦東機場好爛沒免過關國際中轉，就算有下一段的登機牌都必須要先出關再進關，這樣你就不能算是第三國了，雖然現在浦東已經能免過關中轉，但可能大阪地勤不很熟悉所以就不讓你領到香港的登機牌，而你在上海出關去值機那就更加不行了

大阪不给出上海-香港的票是没错的。
但是我觉得这应该不算不良记录，毕竟你最终并没有违反规定，只是浪费了一张上海-香港的机票而已。

过渡时期的问题……原本国内的国际中转都要过边检盖过境章，这样记录上你就入境了**又出境，所以**-香港-上海-日本的航程就是从**进入hk又返回**，不符合hk的过境规则了。现在pek和pvg有免边检中转通道了，于是这么走就又合规了，但是并没有被周知的样子，所以地勤可能给也可能不给登机牌。


签证代理嫌麻烦，你自己说可能有问题他就很可能不接的，不见得真有问题……

你也说说你在hk是干啥的，工作学生吗，如果不是的话不给你机票很正常的

因为你机票最终目的地是香港，所以肯定要港澳通行证。至于不良记录，那完全是你自己承认的，你当时不说，日方不会知道，肯定让你过了。但现在问题是，你留下拒签记录了，肯定会影响以后的签证难度。