其实都可以。我第一次去是吉隆坡转机，第二次是亚航开了杭州亚庇以后从亚庇转机的。总的来说还是要看LZ是不是还要玩吉隆坡或者亚庇。时间的话如果亚航，亚庇转机得在机场或者机场附近住一晚，因为是00:45分到亚庇，当然机场附近有几家酒店选择，也不是很贵，如果打算住仙本那的离岛度假村比如卡帕莱，马达京，邦邦第二天坐最早的航班去斗湖一般能赶上度假村来的接机。回程如果也在杭州想当天回上海的话我那时候坐的毛毛虫的大巴。缺点是得去杭州哈，优点是飞行时间短。另外一种么就是上海飞吉隆坡，吉隆坡飞斗湖了。这个如果想要住在卡帕莱马达京邦邦啥的，肯定要先在仙本那住一晚，第二天上岛，当然这段接送度假村都会包。缺点的话就是飞行时间比较长了，同是大促的情况下，票价相对来说应该比杭州-亚庇-斗湖高一些。当然，如果LZ吉隆坡和亚庇都没去过，假期又有富裕，也可以考虑杭州-亚庇-斗湖-吉隆坡-上海这个行程。
我去马来西亚一般选择在大促的时候买亚航的机票哈，除了亚航，春秋现在也有上海-亚庇，时间也还可以，价格肯定比大促时候的亚航（税涨了估计700不到往返吧）贵点，但比平时的亚航是差不多的，现在随便搜的话春秋1000出头上海-亚庇单程。

各有各的好处，吉隆坡转机的话，如果在当地停留一晚，还可以看看城市的风光，看看双子塔，如果亚庇转机的话，可以去逛逛当地的海鲜市场，买点超便宜的海鲜尝尝。亚庇飞斗湖只要40分钟，如果预定早上9点左右的飞机，到了斗湖刚好可以赶上度假村的接送大巴，然后直接到仙本那，再坐快艇去卡帕莱马布岛或者是马达京这种，时间还是可以衔接的比较好的，关键是看你对海边还是对城市敢兴趣了，喜欢海的话就先到亚庇，喜欢看城市就去吉隆坡转，两个方法都有亚航促销机票，价格整体不会相差太多，杭州直飞亚庇的飞机按计划会是在1点的样子到亚庇，碰上延误什么的到亚庇就要2,3点了，所以那一晚的住宿会比较浪费~~这个要你自己考虑了

上海-亚庇乘春秋很方便，全部加起来也就750左右一个人单程，如果去杭州乘亚航还有路上的时间，感觉太累了。吉隆坡还不如留下次去西马的时候再去。