我刚刚从东欧回来不久。方案1是极其不推荐的，到布拉格再大巴火车的去法兰克福简直太辛苦，严重影响精神状态和旅行品质。方案2也不推荐，当时我的航班也是晚上7点多到的布拉格，拿完行李出来8点来钟，订的接车服务直接送到酒店已经将近9点，你直接去ck小镇的话，从机场车程大概在4个半小时，也就是晚上12点左右到达，ck基本都是民宿类酒店，晚上没有人值班，不会有酒店老板能等你到午夜的。所以方案3比较合理，因为到的当天等于你已经飞了13个小时，是北京时间的凌晨，很累，必须回酒店好好休息一晚。建议你按照：布拉格--ck--萨尔茨堡--维也纳--最后到德国，这个顺序走，会比较顺，不走冤枉路。另外，机场的退税规定是：在最后离开申根国家的机场退税，也就是说你是在苏黎世机场办理退税。不过规定归规定，很多人都是在第一程机场就把税都给退了，就看你遇到的工作人员是不是好说话了。但是，布拉格退税也是退捷克克朗不是欧元，苏黎世也是退瑞士法郎，所以，看你自己选择吧。

不明白你为啥要去法兰克福，既然你不在那里搭飞机，我觉得完全可以舍掉。
布拉格可玩的太多了，我觉得你可以先在那玩两天，转回来还可以补补漏，或者如果时间不充裕，那就留点小遗憾，以后再去。
交通方面，德铁，奥铁都很发达，捷克部分，布拉格到CK有往返大巴，慕尼黑，林茨，萨尔斯堡等城市也有往返CK的shuttle，价格会稍微贵一点，我当时和妈妈两人从萨尔斯堡到CK，是90欧，车程三小时左右，沿途风景超美。既然飞机选择了早上起飞，那无论你选择哪一种方案，势必要在布拉格住一晚啊，为什么当初不选择开口程呢，不走回头路啊，而且布拉格机场非常不好逛，啥都没有，但是退税倒是很快很快，服务态度也好，因为人少。

建议选择第2条线路，从萨尔茨堡去德国相当方便，有火车有BUS。从法兰克福到布拉格地面交通时间太长了，很浪费时间，可以选择先到纽伦堡住1-2晚过渡下，周边也有罗滕堡、班贝格等景点，然后再从纽伦堡乘BUS布拉格，大概4个小时