我去的时候也是在网上搜，和你的想法一样，当时死活搜不到合适的时间。最后只好定了机票，先飞回雅典，再转机去圣岛。但是，我在伊拉克笠翁机场的时候，当地的一对老夫妻非常肯定的告诉我，说有下午发往圣岛的船，并且当场帮我打电话去问，得到的答复是有船，只是当天的票售罄了。不知道两年过去了，现在是否有途径可以在网上订到这班船了。

查到的四月時刻表只有早上 9:30出發：http://santorinidave.com/crete-to-santorini

4月还未到旺季，航线和班次都不可能很丰富，只有自己去安排适应。