1、travel.rakuten.co.jp，日本乐天订房，这个还算比较好用的
如果不懂日语的话，booking能够解决7成以上的问题。（日本乐天的中文版不推荐，还不如booking）。
2、下午还要奈良到京都的话，建议去程的行程上选择JR线从大阪到奈良，行李寄存JR奈良。按照这个行程的话，虽然时间已经紧张，但还是觉得选择在奈良游览是比较合适的。
3、一般是新干线转bus，下午启程的话稍嫌太晚。30日早晨从京都出发的话，京都的行程太薄弱了，1日早晨出发的话我觉得后面也挤压的太厉害，所以这个部分建议再斟酌一下。
4、都可以，但是我觉得你已经没有近距离游览的时间了。

干净，安全，是全日本的基本，不用担心这两点。

http://jorudan.co.jp/或http://www.hyperdia.com/自己一段一段计算是自由行的基本功之一呀！不想动脑子的话就直接买票。

奈良城市小，逛了春日和东大寺，小朋友去奈良也不错，可以看鹿，没记错的话去东大寺的路上到处是鹿。河口湖看富士山得看天气看人品，可能我们之前去的时候天气不对，在东京能看见，去了河口湖反而一点看不见